Departemen Anatomi adalah nama menurut Struktur Organisasi dan Tatakelola Fakultas di Lingkungan Universitas Udayana pada Tahun 2018. Sebelumnya bernama Bagian Anatomi.Bagian anatomi berdiri sejak penerimaan mahasiswa baru angkatan I tahun 1962. Dosen yang terlibat waktu itu adalah Prof.dr. Elias Sukardi (alm), dr. I GNP Sana dan disusul oleh dr. Hendra Santosa, SpA. Mahasiswa waktu itu ikut bersama-sama membuat bak yang digunakan untuk menyimpan kadaver. Kemudian dosen yang bergabung adalah Prof.dr.dr. I Nyoman Mangku Karmaya,M.Repro.,PA(K), Prof. dr. Kornia Karkata, SpOG.
Lokasi dari Bagian Anatomi adalah di Lab. Utara Kampus Sudirman dan sejak tahun 2005 Departemen Anatomi menempati Gedung Anatomi yang sekarang. Pada tahun 2009 Departemen Anatomi membuka pertama kali pendidikan Pascasarjana Biomedik minat Anatomi, yang menjadi penanggung jawabnya adalah Prof.Dr.dr. I Nyoman Mangku Karmaya, M. Repro., PA (K).