Program Studi Magister Fisiologi Olahraga diselenggarakan sejak tahun akademik 1998/1999 oleh Fakultas Kedokteran Berdasarkan surat ijin pendirian program studi Surat Keputusan (SK) Dirjen Dikti No. 403/DIKTI/Kep./1995. Pendirian Program Studi Magister Fisiologi Olahraga merupakan gagasan dari Prof. Drs. Adnyana Manuaba, HonF ErgsS., FIPS., SpErg. (Pakar Ilmu Faal Dasar dan Terapan) yang mempertimbangkan pentingnya pengembangan ilmu keolahragaan yang penerapannya berbasis kepada aplikasi Ilmu Faal Manusia dan Exercise Physiology (Ilmu Faal Terapan) untuk memajukan perkembangan dan peraihan prestasi-prestasi keolahragaan di Bali. Pimpinan yang diberi tanggung jawab memimpin Program Studi untuk pertama kalinya saat itu adalah Prof. dr. I Gusti Ngurah Nala, MPH (Alm.). Pimpinan berikutnya kemudian dilanjutkan oleh Prof. Dr. Dr. J. Alex Pangkahila, MSc., SpAnd. yang memimpin program studi selama dua periode masa jabatan yaitu periode tahun 2006 – 2014. Saat ini dipimpin oleh Dr.dr.Susy Purnawati, M.KK.

Di bawah kepemimpinan para pakar Ilmu faal tersebut di atas Program Studi Fisiologi Olahraga bisa dikenal di seluruh Indonesia dan diminati oleh para calon mahasiswa dari berbagai daerah (dari Aceh sampai Papua). Aktivitas pengenalan program studi ke beberapa daerah di Indonesia sudah di mulai sejak berdirinya program studi melalui kegiatan-kegiatan keikutsertaan dalam event-event ilmiah pra-PON dan menjadi personal dalam lembaga KONI Bali, seminar-seminar nasional keolahragaan, serta terlibat dalam pembinaan- pembinaan atlet Bali sampai periode tahun 2010 an.

Terdapat dua konsentrasi bidang ilmu dalam penyelenggaraan pendidikan di PS Magister Fisiologi Olahraga, yaitu Konsentrasi Fisiologi Olahraga dan Konsentrasi Fisioterapi. Program Studi Magister Fisiologi Olahraga telah terakreditasi ISO (issued 2016, berlaku sampai tahun 2019) dan telah melewati external audit oleh pihak URS.

Aktifitas tridharma perguruan tinggi yang telah dilaksanakan di tahun 2016 diantaranya: pembelajaran / pendidikan (kuliah dalam kelas di Ruang Pascasarjana Unud dan praktek ilmu faal dasar maupun terapan dalam bidang sports dan dasar-dasar physical therapy di Laboratorium Ilmu Faal FK Unud),   penelitian- penelitian yang dilakukan oleh para dosen (baik dosen tetap maupun dosen tidak tetap) dan mahasiswa melalui tesisnya dan kegiatan pengabdian masyarakat. Selain itu pada awal semester juga dilaksanakan Pelatihan Soft Skill bagi mahasiswa yang dilakukan di Pascasarjana Unud. Suasana akademik juga dijaga dan ditumbuhkan melalui pelaksanaan Seminar Nasional yang berkesinambungan. Seminar Nasional tahun 2016 merupakan Join Seminar Nasional dan Workshop “Developing Sport by Sport Physiology, Physical Therapy and Ergonomics” yang dilaksanakan pada tanggal 15 November 2016.