Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran berdiri pada tahun 2000 melalui Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 52/DIKTI/Kep./2000, tanggal 9 Maret 2000. Program Studi ini tergabung di dalam Program Pascasarjana Universitas Udayana Denpasar. Sebagai bagian dari lembaga pendidikan Universitas Udayana, Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran Biomedik dari tahun ke tahun telah melakukan pembenahan-pembenahan diri dalam berbagai komponen. Termasuk ditetapkannya Program Studi Dengan 8 Konsentrasi antara lain yaitu : 1) Konsentrasi Ilmu Kedokteran Biomedik, 2) Konsentrasi Ergonomi-Fisiologi Kerja, 3) Konsentrasi Fisiologi Olahraga, 4) Konsentrasi Ilmu Kedokteran Reproduksi, 5) Konsentrasi Ilmu Kedokteran Hewan, 6) Konsentrasi Ilmu Kesehatan Masyarakat, 7) Konsentrasi Anti-Aging Medicine, 8) Konsentrasi Ilmu Alam  dasar  Kedokteran,serta  di  kembalikan  ke  FK  Unud  dengan  no SK 697/UN.14/HK/2016 per bulan Desember 2016,   sehingga sekarang Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran Biomedik diubah menjadi Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran. Program Studi sangat menjunjung tinggi sikap kejujuran dan keterbukaan akademik terhadap mahasiswanya maupun terhadap masyarakat. Wujud kejujuran dan keterbukaan terhadap masyarakat dapat dilihat dari adanya sosialisasi program studi yang secara rutin mensosialisasikan program-program yang sedang dan telah dikembangkan di Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran, dan melakukan kerjasama yang baik dengan masyarakat atau stake-holders melalui kerjasama dalam bentuk lokakarya, seminar, diskusi interaktif, dan kerjasama lainnya, yang dilaksanakan sebagai upaya meningkatkan kualitas lulusan. Sebagai wujud kepedulian terhadap masyarakat, program studi melakukan kegiatan Tri Darma Perguruan Tinggi melalui pengabdian kepada masyarakat. Bentuk pengabdian yang dilakukan disesuaikan dengan kemampuan dan potensi yang dimiliki program studi khususnya dalam bidang ilmu kedokteran.