Pendidikan dokter spesialis mempunyai kekhususan tersendiri dibandingkan dengan pendidikan tinggi lainnya di Indonesia dan juga di seluruh dunia, karena sejarah dan konten pendidikannya. Pendidikan dokter spesialis pada hakekatnya terdiri dari dua proses yaitu proses pendidikan dan proses pelatihan. Kompetensi yang akan dicapai pada akhir pendidikan dokter spesialis adalah kemampuan profesional yang membutuhkan pelatihan kerja. Kemampuan akademik yang mencakup penguasaan ilmu-ilmu kedokteran dasar dan ilmu terapan klinik merupakan komponen penting yang mendukung kompetensi profesional.

Pendidikan dokter spesialis bedah di Indonesia dimulai sejak tahun 1942 dengan konsep magang (bersifat instructional, institutional based). Sesuai konsep ini, seseorang dinilai layak sebagai seorang ahli bedah setelah mengikuti senior dalam suatu kurun waktu tertentu dan memperoleh brevet. Pendidikan seperti ini berlangsung hingga dibentuk suatu lembaga yang mengatur  perihal  pendidikan  bedah  pada  tahun  1967,  yaitu  Majelis  Nasional  Penilai Ahli  Bedah (MNPAB); bersamaan dengan berdirinya organisasi profesi ahli bedah (Ikatan Ahli Bedah Indonesia, disingkat IKABI). Pada tahun 1977, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan bersama Departemen Kesehatan, Majelis Ahli, Ikatan Dokter Indonesia dan Perhimpunan Dokter Ahli merumuskan Sistem Pendidikan Tinggi Bidang Kedokteran (scientific curriculum) yang diterapkan pada Katalog Program Studi Ilmu Bedah 1978. Pada perkembangan selanjutnya, MNPAB disebut Kolegium Ilmu Bedah Indonesia (KIBI). Mulai pada tahun 1980, pendidikan dokter spesialis bedah lebih mengarah pada suatu pendidikan formal bernuansa akademik (university based) yang diwarnai nuansa akademik yang tidak lama kemudian mengacu ke suatu bentuk pendidikan yang berorientasi pada masalah (problem based learning).

Dokter spesialis bedah (Sp.B) adalah dokter dengan kemampuan profesional yang mengkhususkan diri dalam   pelayanan   bedah   dan   mempunyai   kemampuan   menyerap,   mengembangkan,   serta mentransformasikan ilmu bedah itu sendiri. Seorang dokter spesialis bedah tidak saja berfungsi sebagai tenaga profesional tetapi juga mampu berprestasi akademik sebagai pendidik maupun sebagai peneliti. Berdasarkan Undang-Undang Nomer 2 tahun 1989 tentang pendidikan, pendidikan dokter spesialis yang dikelompokkan sebagai pendidikan profesi, yang penyelenggaranya oleh organisasi profesi. Namun, sekarang dengan adanya Undang-Undang Nomer 20 tahun 2003 tentang Sistim Pendidikan Nasional, maka pendidikan profesi menjadi ranah pendidikan yang dikelola oleh Kementrian Pendidikan Nasional melalui Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi.

Karena kekhususannya pendidikan dokter spesialis tidak hanya dikelola oleh Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi melalui fakultas dan universitas, melainkan tetap melibatkan organisasi profesi melalui Kolegium Organisasi Profesi. Hal ini jelas disebutkan dalam Undang-Undang Nomer 29 tahun 2004 tentang Praktik Kedokteran, yang memberi tugas kepada Konsil Kedokteran Indonesia untuk membuat Standar Pendidikan Kedokteran di Indonesia tanpa kecuali. Selanjutnya dalam Peraturan Pemerintah no 17 tahun 2010 sebagai pelengkap Undang-Undang no 20 tahun 2003, pada pasal 188 dinyatakan secara eksplisit bahwa organisasi profesi mempunyai peran dalam menjaga mutu dan memberikan sertifikat komptensi.

Memasuki era akreditasi sebagai instrumen untuk menguji dan menjaga mutu pendidikan, maka pendidikan dokter spesialis bedah juga tidak terlepas dari kewajiban melakukan akreditasi. Sebelumnya Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi melalui Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi (BAN-PT) mewajibkan Kolegium Pendidikan Dokter untuk melakukan akreditasi semua program studi profesi yang dikelola oleh kolegium.   Pada 1 Maret 2015, proses akreditasi program studi kesehatan telah diserahterimakan dari BAN-PT kepada Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan (LAM- PTKes) berdasarkan Surat Mentri Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi nomer 46/E.E3/KL/2015. Dengan demikian diharapkan pendidikan dokter spesialis bedah di Indonesia dapat terlaksana secara terstandarisasi, baik dalam input, proses, dan out come nya, sehingga mutu pendidikan dapat selalu dijaga, dipantau dan selanjutnya ditingkatkan.

Program Pendidikan Bedah FK Unud yang berdiri sejak tanggal 16 Agustus 1991 berdasarkan SK Dirjen Dikti 050/Dikti/Kep/1991 tentang pembentukan program studi ilmu bedah. Program pendidikan spesialisasi bedah kini telah berjalan lebih kurang 28 tahun. Ada banyak kemajuan telah dicapai di semua bidang program pendidikan sejak pendidikan ini didirikan, sekalipun belum mencapai 100% apa yang divisikan. Visi dan Misi, dan tujuan serta target Program Pendidikan Dokter Spesialis Bedah telah berubah dan perlu dievaluasi dan direvisi serta berkelanjutan.