Pada tanggal 30 Nopember 1966 Dirjen Dikti di Jakarta menerbit Surat Keputusan dengan nomor 7679/Educ/SU/67, yang isinya menugaskan Prof.dr.Sudaryat Suraatmaja, SpA(K) seorang dokter anak di FK UI untuk membantu Fakultas Kedokteran Universitas Udayana sebagai dosen tetap dalam mata pelajaran Ilmu Penyakit Anak. Namun karena sesuatu hal dan situasi tidak memungkinkan, beliau baru dapat bertugas tahun 1967 sehingga tanggal 30 Nopember 1967 dianggap sebagai tonggak berdirinya Bagian/SMF Ilmu Kesehatan Anak FK UNUD/RSUP Sanglah Denpasar. Pada saat itu beliau juga langsung ditunjuk menduduki jabatan sebagai Kepala Bagian/SMF IKA FK UNUD/RSUP Sanglah Denpasar (1967-2003) yang kala itu masih disebut Ilmu Penyakit Anak. Didalam menjalankan tugasnya beliau berkantor di ruang Cempaka Barat bersama dengan Bagian/SMF  Penyakit  Dalam  FK  UNUD/RSUP Sanglah  Denpasar  di ruangan  seluas  5  x  4  meter  yang  saat  ini  dijadikan  ruang  perawatan perinatologi. Prof.dr.Sudaryat Suraatmaja, SpA(K) dibantu oleh 5 orang staf yang saat itu masih dokter umum yaitu dr. I Putu Suwendra, SpA(K) (menjadi staf 1968), Prof. dr. Abdul Hamid, SpA(K) (menjadi staf 1971), Prof. dr. Hendra Santosa, SpA(K) (menjadi staf 1972), dr. Komang Kari, SpA(K) (menjadi staf 1973), Prof. dr. Soetjiningsih, SpA(K) (menjadi staf 1975), dimana empat diantara beliau ini meraih dokter spesialis anak di FK UNAIR Surabaya yaitu I Putu Suwendra, Sp(A)K, Prof. dr. Abdul Hamid, SpA(K), dr. Komang Kari, SpA(K), Prof. dr. Soetjiningsih, SpA(K), sedangkan satu orang staf Prof. dr. Hendra Santosa, SpA(K) meraih dokter spesialis anak di FK UNHAS Makassar.

Pada tahun 1973 para pendiri Bagian IKA ini mulai menggagas untuk melaksanakan pendidikan dokter spesialis anak. Pada tahun 1979, Bagian Ilmu Kesehatan Anak mulai menerima dokter tenaga magang yang akan menjalani pendidikan pendahuluan dokter spesialis anak, dimana yang pertama kali diterima adalah dr. AANKP Widnyana dan dr. I Nyoman Sugitha. Kemudian pada tahun-tahun berikutnya diikuti oleh dr. I Nengah Westra, dr. I Dewa Gde Madra, dr. I Made Sugita, dr. Tatang Hidayat, dr. I Wayan Murya, dr. I Ketut Wirata, dr. I Gusti Ngurah Susanta, dr. Ni Wayan Metri, dr. Ida Bagus Mudita, dr. I Kompyang Gede Suwandi. dan dr. I Ketut Nomor Aryasa. Ruang perawatan bayi dan anak di RSUP Sanglah sebagai tempat mengasah ilmu dan keterampilan peserta didik, awalnya hanya terdiri dari ruang jempiring untuk anak-anak, ruang bakung untuk bayi sehat baru lahir, dan ruang cempaka untuk bayi sakit. Seiring dengan bertambahnya pasien anak-anak maka dibangunlah ruang pudak.

Karena pendidikan dokter spesialis anak FK UNUD kala itu masih dibawah asuhan FK UNAIR, maka setiap semester (6 bulan sekali) secara bergiliran dokter magang tersebut dikirim ke FK UNAIR Surabaya untuk menyelesaikan pendidikan akhirnya sebagai dokter spesialis anak. Mengingat jumlah staf pendidik sudah dianggap cukup dan sarana prasarana dianggap memadai maka para pendiri memikirkan pendidikan mandiri. Namun sebelum melaksanakan pendidikan secara mandiri ini dimulai, maka Kolegium Ilmu Kesehatan Anak melakukan visitasi ke Institusi Pendidikan Dokter Spesialis Anak Fakultas Kedokteran Universitas Udayana untuk menilai kelayakan menyelenggarakan pendidikan dokter spesialis anak. Pada tanggal 29 Juli 1991 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 046/DIKTI/Kep/1991 tentang Pembentukan Program Studi Ilmu Kesehatan Anak pada Program Pendidikan Dokter Spesialis 1, pendidikan dokter spesialis anak Fakultas Kedokteran Universitas Udayana dinyatakan resmi dibuka. Dengan adanya surat keputusan ini, dr. I Ketut Nomor Aryasa yang sedang menjalani pendidikan dianggap sebagai peserta didik yang pertama yang dapat menyelesaikan pendidikan sebagai dokter spesialis anak di IPDSA FK UNUD. Sebagai Ketua Program Studi kala itu dipercayakan kepada dr. I Putu Suwendra, SpA(K) yang dijabat mulai tahun 1991 – 1993. Pada saat itu, tahun 1991 dibangun gedung sebagai sarana penunjang pendidikan, dimana gedung tersebut merupakan sumbangan dari fakultas kedokteran, yang terdiri  dari bangunan 1 lantai berukuran 10×10 meter berlokasi di bangunan ruang residen saat ini yang difungsikan sebagai ruangan KPS dan perpustakaan, sedangkan ruangan pertemuan ilmiah terletak di ruang Pudak, yang saat ini digunakan sebagai ruangan sub-bagian gastro-hepatologi dan infeksi penyakit tropis berukuran 7,8 x 3,3 meter. Pada tahun 1991 juga didirikan IRD bayi terdiri dari 1 ruangan meskipun saat itu masih tanpa sarana dan prasarana yang mendukung. Kemudian mulai Januari 1992 penerimaan calon peserta didik secara regular setiap semester mulai dilaksanakan.

Mulai tahun 1993 Ketua Program Studi dijabat oleh Prof. dr. Abdul Hamid, SpA(K) sampai tahun 1994, yang kemudian digantikan Prof. dr. Soetjiningsih, SpA(K) dari tahun 1994 hingga 2010. Pada tahun 1997, atas inisiatif para staf yang dibantu oleh para residen, mengingat jumlah residen yang makin banyak maka dibangun gedung 2 lantai untuk ruang pertemuan ilmiah berukuran 15 x 8 meter di lantai I yang saat ini disebut sebagai ruang utama, beberapa ruang staf pendidik di lantai II, dan sebuah bale bengong. Pada tahun 2002, jabatan Kepala Bagian digantikan oleh dr. Komang Kari, SpA(K) hingga tahun 2008. Pada masa kepemimpinan beliau, seiring dengan bertambah banyaknya residen IKA, maka diperlukan gedung baru yang lebih besar dengan fasilitas yang lebih memadai, sehingga pada tahun 2003 mulai direncanakan pembangunan gedung baru. Pembangunan gedung baru tersebut dapat terlaksana atas partisipasi peserta PPDS-1, staf pengajar PPDS-1, IDAI cabang Bali dan juga dari RSUP Sanglah Denpasar. Pembangunan gedung 2 lantai dimulai pada tahun 2004 dan selesai pada tahun 2006 dimana lantai dasar terdiri dari gedung pertemuan madya ukuran 7,6 x 4 meter dan ruang residen ukuran 9 x 7 meter sedangkan lantai 2 terdiri dari ruangan perpustakaan ukuran 11 x 10 meter, dan ruangan KPS 4 x 5 meter. Gedung paling baru ini terletak berdampingan dengan ruang utama yang telah dibangun sebelumnya. Gedung tersebut akhirnya diresmikan pada tanggal 20 Desember 2008 oleh Direktur RSUP Sanglah saat itu dijabat oleh dr. I Gusti Lanang M Rudiartha, MHA dan diberi nama Gedung pertemuan Prof.dr.Sudaryat Suraatmaja, SpA(K). Untuk meningkatkan keprofesian dan  sekaligus  meningkatkan  kualitas  pelayanan,  dr.  Komang  Kari  SpA (K)  mencetuskan  ide mendirikan unit pelayanan intensif yang merupakan cikal-bakal berdirinya PICU.

Pada masa kepemimpinan Prof. dr. Soetjiningsih, SpA(K) sebagai ketua program studi, peserta didik PPDS 1 IKA FK UNUD periode Juli tahun 2003 diwajibkan mengikuti pendidikan magister kesehatan untuk memenuhi kurikulum pendidikan S2. Karena saat itu FK UNUD belum memiliki pendidikan S2 dan beberapa materi belum mampu diberikan di institusi sendiri maka dipilihlah Bagian IKA FK UGM Jogyakarta sebagai tempat shopping untuk mengisi materi-materi kuliah yang belum dapat diberikan. Seiring dengan berjalannya waktu pihak Bagian IKA FK UGM menawarkan kepada IPDSA FK UNUD untuk mengikuti program combined degree di pasca sarjana UGM agar peserta didik disamping mendapat gelar profesi sebagai dokter spesialis anak memperoleh juga gelar magister. Pendidikan combined degree diambil pada semester kedua selama 6 bulan. Pada tanggal 6 mei 2008 Rektor Universitas Udayana menerbitkan SK dengan nomor 204A/H14/PR 01.10/2008 tentang Pembentukan Konsentrasi Ilmu Kedokteran Klinik pada Program Studi Magister Ilmu Biomedik Universitas Udayana. Dengan adanya surat keputusan ini peserta didik mulai angkatan Juli 2009 melaksanakan pendidikan magister sepenuhnya di pasca sarjana UNUD sehingga peserta didik tidak lagi dikirim ke pasca sarjana UGM untuk mengikuti program magister. Pada tahun 2010, Prof, dr, Soetjiningsih, SpA(K) memasuki masa purna bakti sehingga jabatan KPS digantikan oleh dr. I Ketut Suarta, SpA(K). Untuk meningkatkan kemampuan anak didik dalam mengambil keputusan sendiri maka, setiap peserta PPDS-1 IKA FK UNUD akan dikirim ke rumah sakit Kabupaten yang belum mempunyai dokter spesialis anak sebagai RS binaan. Rumah sakit Kabupaten ini digunakan oleh peserta didik untuk melaksanakan tugas mandiri. Mereka dikirim selama 2 bulan pada tahap senior. Rumah sakit- rumah sakit yang pernah menjadi tempat tugas mandiri antara lain: RS Mataram NTB (2002-2005, RS Amlapura Karangasem (2004-2008), RS Manggarai NTT (2008-2009), RS Bajawa NTT (2009- 2010), dan saat ini masih menjadi rumah sakit binaan adalah Waikabubak (2005- ), Ende (2011- ). Disamping itu untuk pemerataan pelayanan spesialistik mempercepat penurunan angka kematian bayi, peserta didik yang diterima melalui jalur tugas belajar berbasis kompetensi dari KEMENKES, diwajibkan melaksanakan tugas khusus. Mereka ditugaskan selama 6 bulan di tahap senior ke rumah sakit yang terpencil dan tidak diminati yang sudah ditentukan oleh KEMENKES antara lain RS Kaimana Papua Barat dan RS Sorong Selatan Papua Barat.

Pada tahun 2008 Kepala Bagian IKA dijabat oleh dr. BNP Putu Arhana, SpA(K) menggantikan dr. Komang Kari, SpA(K) yang memasuki masa purna bakti. Pada masa kepemimpinan beliau, karena IRD bayi tidak memenuhi standar maka tahun 2008 didirikanlah NICU berdasarkan surat keputusan Direktur RSUP Sanglah Denpasar : RSUP-SK/D23/HK.00.06/0639 tentang pembentukan NICU pada tanggal 4 Februari 2008. Perawatan PICU mulai dikembangkan dan pada tahun 2011 didirikan ruang perawatan intermediate berdasarkan surat keputusan direktur utama RSUP Sanglah Denpasar Nomor: HK.03.05/SK.IV.D.23/4146/2011 tertanggal 7 April 2011yang isinya tentang pembentukan tim pelaksana Pediatric Intensif Care Unit dan Intermediate Care Unit RSUP Sanglah.

Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi menghendaki agar semua institusi pendidikan diakreditasi termasuk program pendidikan dokter spesialis, namun akreditasi PPDS-1 ini masih diserahkan kepada Kolegium masing-masing, demikian juga halnya PPDS-1 IKA diakreditasi oleh Kolegium IKA. Pada tanggal 27-28 Pebruari 2012, IPDSA FK UNUD diakreditasi oleh tim akreditasi Kolegium IKA. Berdasarkan Keputusan Kolegium IKA dengan no. 16/Kep/Kolegium IKA/IV/2012 tertanggal 4 April 2012, Kolegium IKA menerbitkan Sertifikat Akreditasi yang menyatakan IPDSA FK UNUD terakreditasi dengan nilai B.

Rumah Sakit Umum Pusat Sanglah Denpasar sebagai tempat pendidikan utama bagi peserta PPDS-1 untuk menjalankan pendidikan profesi juga melaksanakan akreditasi. Setelah lolos dari akreditasi KARS, RSUP Sanglah akan mengikuti akreditasi oleh Joint Comission International (JCI), dengan sendirinya Ruang Perawatan Anak, Ruang Perawatan Bayi, Poliklinik Anak, PICU, NICU juga ikut dinilai dalam akreditasi ini dengan demikian anak didik dapat melaksanakan pendidikan profesi di rumah sakit yang berstandar dunia. Persiapan akreditasi dimulai bulan Agustus 2011. Pada Tanggal 10-15 Desember 2012 penilaian Initial Survey dilaksanakan oleh 3 orang team JCI, Maureen Judd Van Eerd sebagai leader team, William Hydorn sebagai physician survey, Salma Jaffer sebagai nurse survey.